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中国医科大学学报 ›› 2017, Vol. 46 ›› Issue (8): 703-709.doi: 10.12007/j.issn.0258-4646.2017.08.008

• 论著 • 上一篇    下一篇

荧光标记 LDR-PCR 复合扩增方法对高度降解 DNA 检材的SNPs 分型研究

邢佳鑫 1,孙溢华 12,宣金锋 1,姚军 1,丁梅 1,庞灏 1,李春梅 1,夏皙 1,王保捷 1   

  1. 1 中国医科大学法医学院法医血清教研室,沈阳 110122;2 苏州市公安局吴中分局法医 DNA 室,江苏 苏州 215104
  • 收稿日期:2016-12-22 出版日期:2017-08-30 发布日期:2017-08-24
  • 通讯作者: 王保捷 E-mail:bjwang@cmu.edu.cn
  • 作者简介:邢佳鑫(1980 -),男,讲师,博士 .
  • 基金资助:
    辽宁省教育厅科学研究一般项目(L2013319)

Study on SNP Genotyping of Degraded DNA by Fluorescence-labeled Multiplex LDR-PCR Amplification

XING Jiaxin1,SUN Yihua12,XUAN Jinfeng1,YAO Jun1,DING Mei1,PANG Hao1,LI Chunmei1,XIA Xi1,WANG Baojie1   

  1. 1 Department of Forensic Genetics,School of Forensic Medicine,China Medical University,Shenyang 110122,China;2 Forensic DNA Section,Wuzhong District Bureau of Suzhou Public Security Bureau,Suzhou 215104,China
  • Received:2016-12-22 Online:2017-08-30 Published:2017-08-24

摘要: 目的 构建一套基于连接酶检测反应(LDR)的荧光标记 PCR 复合扩增体系,为解决高度降解 DNA 法医学分析提供新的策 略 。 方法 选择 8个单核苷酸多态性(SNPs)位点(rs10802248、rs10516197、rs10488372、rs2278945、rs4757318、rs4887255、 rs4889002 和 rs9304473),设计合成各 SNPs 位点的 LDR 探针和连接产物 PCR 引物,通过 LDR 将连接产物进行 PCR 扩增,并将扩 增产物进行毛细管凝胶电泳,构建复合扩增 SNPs 分型体系。结果 使用荧光标记 LDR-PCR 复合扩增方法,对不同个体的 8 个 SNPs 位点进行分型,分型结果与测序结果完全一致;对于甲醛固定石蜡包埋组织(FFPET)检材高度降解的 DNA 样品,荧光标记 LDR-PCR 复合扩增体系能够实现 8 个 SNPs 位点的准确分型。结论 荧光标记 LDR-PCR 复合扩增方法能够对 8 个 SNPs 位点进行一次性分型,结果准确、可靠,是一种简单、高效并且较为实用的 SNPs 分型新方法,适用于高度降解检材的检测。

关键词: 法医物证学, 连接酶检测反应, 复合扩增, 降解 DNA, 单核苷酸多态性

Abstract: Objective In this study,a multiplex PCR amplification system was constructed based on fluorescent labeling PCR and LDR,to provide a new strategy for analyzing severely degraded DNA. Methods Eight SNP loci (rs10802248,rs10516197,rs10488372,rs2278945, rs4757318,rs4887255,rs4889002,and rs9304473)were selected. Their LDR probes and PCR primers of linked products were designed and synthesized. Ligase detection reaction,PCR amplification,and capillary gel electrophoresis(CEG)were performed to establish the multiplex LDR- PCR amplification system. Results The genotypes of these 8 loci were obtained simultaneously by the fluorescence-labeled multiplex LDR-PCR amplification method. The loci profiles obtained by fluorescence-labeled multiplex LDR-PCR amplification were in accordance with those obtained by direct sequencing of the polymorphic regions in samples from all individuals. By fluorescence-labeled multiplex LDR-PCR amplification ,the 8SNP loci were efficiently amplified from the severely degraded FFPET DNA. Conclusion Eight SNP loci results could be obtained simultaneously by using the multiplex LDR-PCR amplification system,which is a simple,efficient,and practical SNP genotyping method with accurate and reliable results for highly degraded samples.

Key words: forensics biological evidence, ligase detection reaction, compound amplification, degraded DNA, SNPs

中图分类号: 

  • R89
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