中国医科大学学报

中国医科大学学报
  • 中文核心期刊
  • 中国科技核心期刊
  • 中国高校百佳科技期刊
  • BA、CA收录

中国医科大学学报 ›› 2019, Vol. 48 ›› Issue (3): 201-204.doi: 10.12007/j.issn.0258-4646.2019.03.002

• 论著 • 上一篇    下一篇

泛癌症分析DEAH盒解旋酶16的表达及其预后意义

胡明1, 张淑红2, 陈跟林3, 凌存宝3, 樊伟平3, 孙海燕4, 刘爽2, 张虎3   

  1. 1. 佳木斯大学附属第一医院普外三科, 黑龙江 佳木斯 154002;
    2. 佳木斯大学基础医学院生物学教研室, 黑龙江 佳木斯 154007;
    3. 江苏医药职业学院基础医学部生物化学教研室, 江苏 盐城 224005;
    4. 江苏医药职业学院护理学院内科护理学教研室, 江苏 盐城 224005
  • 收稿日期:2018-04-28 出版日期:2019-03-30 发布日期:2019-03-06
  • 通讯作者: 张虎 E-mail:Yuntian8239@126.com
  • 作者简介:胡明(1980-),男,主治医师,硕士.
  • 基金资助:
    国家自然科学基金(31471312);江苏医药职业学院科技创新团队建设计划(20188104);江苏省“青蓝工程”项目(2016)

Pan-Cancer Analysis of DEAH-Box Helicase 16 Expression and Prognostic Significance

HU Ming1, ZHANG Shuhong2, CHEN Genlin3, LING Cunbao3, FAN Weiping3, SUN Haiyan4, LIU Shuang2, ZHANG Hu3   

  1. 1. Department of General Surgery, The First Affiliated Hospital of Jiamusi University, Jiamusi 154002, China;
    2. Department of Biology, Basic Medical College, Jiamusi University, Jiamusi 154007, China;
    3. Department of Biochemistry, Basic Medical College, Jiangsu Vocational College of Medicine, Yancheng 224005, China;
    4. Department of Internal Medicine Nursing, College of Nursing, Jiangsu Vocational College of Medicine, Yancheng 224005, China
  • Received:2018-04-28 Online:2019-03-30 Published:2019-03-06

摘要: 目的 泛癌症分析DEAH盒解旋酶16(DHX16)的表达、预后意义及作用机制。方法 利用癌症基因组图谱组织(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析DHX16的表达及其与预后关系;通过蛋白之间相互作用平台InBio MapTM下载与DHX16相互作用的蛋白质谱,经DAVID 6.8进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达(均P < 0.001);DHX16高表达利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病的预后。DHX16相互作用蛋白主要定位于剪接体、细胞核、质膜、胞内核糖核蛋白复合体等,参与mRNA剪接、加工过程等,主要结合多聚腺苷酸RNA、核苷酸、核酸、mRNA内含子等,具有RNA解旋酶活性等功能;参与的信号通路主要包括剪接体、mRNA监测、RNA降解和RNA转运过程。结论 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达,DHX16高表达有利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病预后,因此可作为上述肿瘤预后的潜在标志物。

关键词: 泛癌症分析, DEAH盒解旋酶16, 预后

Abstract: Objective To investigate the expression and prognostic significance of DEAH-box helicase (DHX16) by pan-cancer analysis. Methods The expression and prognostic significance of DHX16 were analyzed using the UALCAN web-portal. Gene ontology and kyoto encyclopedia of genes and genomes analyses of proteins interacting with DHX16 were performed using DAVID 6.8 functional annotation software. Results DHX16 was highly expressed in bladder urothelial carcinoma,head and neck squamous cell carcinoma,esophageal carcinoma,liver hepatocellular carcinoma,and cholangiocarcinoma (all P < 0.001). Proteins interacting with DHX16 were located mainly in catalytic step 2 spliceosome,nucleoplasm,and cell membrane,and participated in mRNA splicing and processing,binding to poly (A) RNA and nucleic acids,and RNA helicase activity. Spliceosome,mRNA surveillance,RNA degradation,and transport pathways were implicated. Conclusion The high expression of DHX16 is helpful for the prognosis of bladder urothelial carcinoma prognosis,and unfavorable for prognoses of adrenocortical carcinoma,sarcoma,brain lower grade glioma,liver hepatocellular carcinoma,and acute myeloid leukemia. Thus,DHX16 may have value as a prognostic marker.

Key words: pan-cancer analysis, DEAH-box helicase, prognosis

中图分类号: 

  • R73
[1] 张坤,王红.肿瘤基因组图谱泛癌分析计划[J].中国肺癌杂志,2015,18(4):219-223. DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2015.04.02.
[2] GENCHEVA M,KATO M,NEWO AN,et al. Contribution of DEAH-box protein DHX16 in human pre-mRNA splicing[J]. Biochem J,2010,429(1):25-32. DOI:10.1042/BJ20100266.
[3] RAPPSILBER J,RYDER U,LAMOND AI,et al. Large-scale proteomic analysis of the human spliceosome[J]. Genome Res,2002,12(8):1231-1245. DOI:10.1101/gr.473902.
[4] CHANDRASHEKAR DS,BASHEL B,BALASUBRAMANYA SAH,et al. UALCAN:a portal for facilitating tumor subgroup gene expression and survival analyses[J]. Neoplasia,2017,19(8):649-658. DOI:10.1016/j.neo.2017.05.002.
[5] SIEGEL RL,MILLER KD,JEMAL A. Cancer statistics,2017[J]. CA Cancer J Clin,2017,67(1):7-30. DOI:10.3322/caac.21387.
[6] MARUSYK A,POLYAK K. Tumor heterogeneity:causes and consequences[J]. Biochimica Biophysica Acta,2010,1805(1):105-117. DOI:10.1038/nature20805.
[7] COLLINS FS,VARMUS H. A new initiative on precision medicine[J]. NEJM,2015,372(9):793-795. DOI:10.1056/NEJMp1500523.
[8] CANCER GENOME ATLAS RESEARCH NETWORK,ANALYSIS WORKING GROUP. Integrated genomic characterization of oesophageal carcinoma[J]. Nature,2017,541(7636):169-175. DOI:10.1038/nature20805.
[9] PUTIRI E,PELEGRI F. The zebrafish maternal-effect gene mission impossible encodes the DEAH-box helicase Dhx16 and is essential for the expression of downstream endodermal genes[J]. Dev Biol,2011,353(2):275-289. DOI:10.1016/j.ydbio.2011.03.001.
[10] CORDIN O,BANROQUES J,TANNER NK,et al. The DEAD-box protein family of RNA helicases[J]. Gene,2006,15(367):17-37.
[11] BESSONOV S,ANOKHINA M,WILL CL,et al. Isolation of an active step I spliceosome and composition of its RNP core[J]. Nature,2008,452(7189):846-848. DOI:10.1038/nature06842.
[12] GENCHEVA M,LIN TY,WU X,et al. Nuclear retention of unspliced pre-mRNAs by mutant DHX16/hPRP2,a spliceosomal DEAH-box protein[J]. J Biol Chem,2010,285(46):35624-35632. DOI:10.1074/jbc.M110.122309.
[13] PAN Y,LIU H,WANG Y,et al. Associations between genetic variants in mRNA splicing-related genes and risk of lung cancer:a pathway-based analysis from published GWASs[J]. Sci Rep,2017,17(7):44634. DOI:10.1038/srep44634.
[1] 郅重阳, 彭良群, 张占东, 李宁, 刘洪兴, 花亚伟. 倾向评分匹配法探讨预后营养指数与胃癌新辅助化疗后病理完全缓解的相关性[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(3): 245-249,254.
[2] 徐国帅, 蔡相军, 陈江波, 吕庆, 刘洪涛. AEG-1和CHD5在胃癌中的表达及其临床意义[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(9): 797-802.
[3] 马艳梅, 常箫匀. 结直肠癌患者围手术期肠内外联合营养支持与预后的关系[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(7): 604-608.
[4] 姜文娟, 刘文静, 李晓曦, 沈雪莉. 1例急性原发性胼胝体变性病例的回顾分析[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(7): 657-659.
[5] 芦婷婷, 王治博. 术前血浆纤维蛋白原和D-二聚体水平与结直肠癌预后的关系[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(6): 513-518.
[6] 武佳科, 田春阳, 何东旭, 宋佳, 于彤彤, 孙志军, 孙兆青. 休克指数对行经皮冠状动脉介入治疗的急性心肌梗死患者长期预后的预测价值[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(6): 522-526.
[7] 刘晓, 王彤, 蒋怡芳, 王媛. 病原学阳性与阴性的医院获得性肺炎患者临床特征及预后比较[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(5): 406-410,414.
[8] 俞达辉, 吴道立, 袁冲, 褚文炎. 癌组织中CD45RO表达水平与肺腺癌患者临床病理特征及生存率的关联分析[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(5): 448-453.
[9] 邵洋, 胡延平, 刘勇. 慢性淋巴细胞白血病患者长链非编码RNA RP5-180C18.1的表达及其预后评价作用[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(4): 341-345.
[10] 张苏宁, 刘宗昂. 小细胞肺癌中DBC1的表达及预后相关性研究[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(3): 222-225.
[11] 王鸾, 蔡雪, 赵敏. 急性百草枯中毒死亡危险因素分析[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(3): 237-239,243.
[12] 李蕙伊, 刘畅, 赵洋子, 曾仁庆, 甘淼, 王涛, 于诗源, 崇巍. 急诊科成人创伤患者院内死亡危险因素分析[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(2): 128-131.
[13] 赵雪峰, 赵美兰, 许广大. TMPRSS4在胃癌中的表达及其临床意义[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(11): 969-974.
[14] 赵轲, 张永建, 刘奇, 徐迪, 陈宝钧. miR-107与非小细胞肺癌的临床病理特征及预后的关联[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(10): 933-938.
[15] 裘敬平, 党军, 蔡峰, 李光. 基于病史、体征、血常规的食管癌预后评分系统的初步构建[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(1): 36-41.
Viewed
Full text


Abstract

Cited

  Shared   
  Discussed   
[1] 李宇, 马虹. 超声引导星状神经节阻滞对患者全身麻醉期间血流动力学的影响[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(12): 1093 -1097 .
[2] 张雷, 邢静, 李润玖. 转化生长因子β1对脓毒症大鼠模型免疫功能的影响[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(12): 1111 -1115 .
[3] 张博, 韩闻卿, 李莹, 杨歌, 赵蕾, 杜信, 姜雅秋. 低血糖应激大鼠血清FT3、FT4、TT4、TSH水平及垂体组织TSHβ mRNA表达的动态变化[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(12): 1063 -1066 .
[4] 姜晓晓, 周祖华, 常栋, 齐中华. 白藜芦醇对急性心肌梗死大鼠心脏神经重塑的影响及其机制[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(12): 1077 -1080 .
[5] 王冰, 黄宝俊, 解大龙, 赵丹懿. 沉默长链非编码RNA浆细胞瘤可变易位1基因提高胃癌细胞对阿霉素的化疗敏感性[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(12): 1081 -1084,1106 .
[6] 高天, 余铃, 李舒, 刘佳勇, 白楚杰, 薛瑞峰, 张路, 方志伟, 樊征夫. Notch信号通路促进滑膜肉瘤细胞SW982增殖和侵袭的研究[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(3): 210 -215 .
[7] 赵楠溪, 曹学照, 王俊. 利多卡因持续静脉输注对腹腔镜结直肠手术患者术后疼痛的影响[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(2): 136 -139 .
[8] 段睿, 焦奥, 张城硕, 林建贞, 石悦, 张佳林. 短肽FLPNF对地塞米松诱导的胰岛细胞凋亡的保护作用[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(3): 193 -200 .
[9] 邢英皓, 潘柏言, 吴秀英. 目标导向液体治疗在胰十二指肠切除术中的临床应用[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(3): 265 -268 .
[10] 郭舜, 赵海潮, 任晓静, 任崇仁, 贺杰峰, 赵浩亮. CNOT7基因敲减通过减少HepG2细胞TGF-β1分泌影响免疫微环境[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(3): 225 -229 .

中国医科大学学报版权所有©2018

未经允许,严禁擅自转载本站图文资料

地址:中国 沈阳市沈北新区蒲河路77号 110122

辽ICP备05014850

JOURNAL OF CHINA MEDICAL UNIVERSITY

ADDRESS: NO.77 PUHE ROAD

SHENYANG NORTH NEW AREA, SHENYANG

LIAONING PROVINCE, P.R. CHINA