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中国医科大学学报 ›› 2019, Vol. 48 ›› Issue (3): 201-204.doi: 10.12007/j.issn.0258-4646.2019.03.002

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泛癌症分析DEAH盒解旋酶16的表达及其预后意义

胡明1, 张淑红2, 陈跟林3, 凌存宝3, 樊伟平3, 孙海燕4, 刘爽2, 张虎3   

  1. 1. 佳木斯大学附属第一医院普外三科, 黑龙江 佳木斯 154002;
    2. 佳木斯大学基础医学院生物学教研室, 黑龙江 佳木斯 154007;
    3. 江苏医药职业学院基础医学部生物化学教研室, 江苏 盐城 224005;
    4. 江苏医药职业学院护理学院内科护理学教研室, 江苏 盐城 224005
  • 收稿日期:2018-04-28 出版日期:2019-03-30 发布日期:2019-03-06
  • 通讯作者: 张虎 E-mail:Yuntian8239@126.com
  • 作者简介:胡明(1980-),男,主治医师,硕士.
  • 基金资助:
    国家自然科学基金(31471312);江苏医药职业学院科技创新团队建设计划(20188104);江苏省“青蓝工程”项目(2016)

Pan-Cancer Analysis of DEAH-Box Helicase 16 Expression and Prognostic Significance

HU Ming1, ZHANG Shuhong2, CHEN Genlin3, LING Cunbao3, FAN Weiping3, SUN Haiyan4, LIU Shuang2, ZHANG Hu3   

  1. 1. Department of General Surgery, The First Affiliated Hospital of Jiamusi University, Jiamusi 154002, China;
    2. Department of Biology, Basic Medical College, Jiamusi University, Jiamusi 154007, China;
    3. Department of Biochemistry, Basic Medical College, Jiangsu Vocational College of Medicine, Yancheng 224005, China;
    4. Department of Internal Medicine Nursing, College of Nursing, Jiangsu Vocational College of Medicine, Yancheng 224005, China
  • Received:2018-04-28 Online:2019-03-30 Published:2019-03-06

摘要: 目的 泛癌症分析DEAH盒解旋酶16(DHX16)的表达、预后意义及作用机制。方法 利用癌症基因组图谱组织(TCGA)门户网站UALCAN泛癌症分析DHX16的表达及其与预后关系;通过蛋白之间相互作用平台InBio MapTM下载与DHX16相互作用的蛋白质谱,经DAVID 6.8进行基因本体(GO)和KEGG信号通路分析。结果 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达(均P < 0.001);DHX16高表达利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病的预后。DHX16相互作用蛋白主要定位于剪接体、细胞核、质膜、胞内核糖核蛋白复合体等,参与mRNA剪接、加工过程等,主要结合多聚腺苷酸RNA、核苷酸、核酸、mRNA内含子等,具有RNA解旋酶活性等功能;参与的信号通路主要包括剪接体、mRNA监测、RNA降解和RNA转运过程。结论 DHX16在膀胱尿路上皮癌、头颈部鳞状细胞癌、食管癌、肝脏肝细胞癌和胆管癌中高表达,DHX16高表达有利于膀胱尿路上皮癌预后,而不利于肾上腺皮质癌、肉瘤、脑低级别胶质瘤、肝脏肝细胞癌和急性髓样白血病预后,因此可作为上述肿瘤预后的潜在标志物。

关键词: 泛癌症分析, DEAH盒解旋酶16, 预后

Abstract: Objective To investigate the expression and prognostic significance of DEAH-box helicase (DHX16) by pan-cancer analysis. Methods The expression and prognostic significance of DHX16 were analyzed using the UALCAN web-portal. Gene ontology and kyoto encyclopedia of genes and genomes analyses of proteins interacting with DHX16 were performed using DAVID 6.8 functional annotation software. Results DHX16 was highly expressed in bladder urothelial carcinoma,head and neck squamous cell carcinoma,esophageal carcinoma,liver hepatocellular carcinoma,and cholangiocarcinoma (all P < 0.001). Proteins interacting with DHX16 were located mainly in catalytic step 2 spliceosome,nucleoplasm,and cell membrane,and participated in mRNA splicing and processing,binding to poly (A) RNA and nucleic acids,and RNA helicase activity. Spliceosome,mRNA surveillance,RNA degradation,and transport pathways were implicated. Conclusion The high expression of DHX16 is helpful for the prognosis of bladder urothelial carcinoma prognosis,and unfavorable for prognoses of adrenocortical carcinoma,sarcoma,brain lower grade glioma,liver hepatocellular carcinoma,and acute myeloid leukemia. Thus,DHX16 may have value as a prognostic marker.

Key words: pan-cancer analysis, DEAH-box helicase, prognosis

中图分类号: 

  • R73
[1] 张坤,王红.肿瘤基因组图谱泛癌分析计划[J].中国肺癌杂志,2015,18(4):219-223. DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2015.04.02.
[2] GENCHEVA M,KATO M,NEWO AN,et al. Contribution of DEAH-box protein DHX16 in human pre-mRNA splicing[J]. Biochem J,2010,429(1):25-32. DOI:10.1042/BJ20100266.
[3] RAPPSILBER J,RYDER U,LAMOND AI,et al. Large-scale proteomic analysis of the human spliceosome[J]. Genome Res,2002,12(8):1231-1245. DOI:10.1101/gr.473902.
[4] CHANDRASHEKAR DS,BASHEL B,BALASUBRAMANYA SAH,et al. UALCAN:a portal for facilitating tumor subgroup gene expression and survival analyses[J]. Neoplasia,2017,19(8):649-658. DOI:10.1016/j.neo.2017.05.002.
[5] SIEGEL RL,MILLER KD,JEMAL A. Cancer statistics,2017[J]. CA Cancer J Clin,2017,67(1):7-30. DOI:10.3322/caac.21387.
[6] MARUSYK A,POLYAK K. Tumor heterogeneity:causes and consequences[J]. Biochimica Biophysica Acta,2010,1805(1):105-117. DOI:10.1038/nature20805.
[7] COLLINS FS,VARMUS H. A new initiative on precision medicine[J]. NEJM,2015,372(9):793-795. DOI:10.1056/NEJMp1500523.
[8] CANCER GENOME ATLAS RESEARCH NETWORK,ANALYSIS WORKING GROUP. Integrated genomic characterization of oesophageal carcinoma[J]. Nature,2017,541(7636):169-175. DOI:10.1038/nature20805.
[9] PUTIRI E,PELEGRI F. The zebrafish maternal-effect gene mission impossible encodes the DEAH-box helicase Dhx16 and is essential for the expression of downstream endodermal genes[J]. Dev Biol,2011,353(2):275-289. DOI:10.1016/j.ydbio.2011.03.001.
[10] CORDIN O,BANROQUES J,TANNER NK,et al. The DEAD-box protein family of RNA helicases[J]. Gene,2006,15(367):17-37.
[11] BESSONOV S,ANOKHINA M,WILL CL,et al. Isolation of an active step I spliceosome and composition of its RNP core[J]. Nature,2008,452(7189):846-848. DOI:10.1038/nature06842.
[12] GENCHEVA M,LIN TY,WU X,et al. Nuclear retention of unspliced pre-mRNAs by mutant DHX16/hPRP2,a spliceosomal DEAH-box protein[J]. J Biol Chem,2010,285(46):35624-35632. DOI:10.1074/jbc.M110.122309.
[13] PAN Y,LIU H,WANG Y,et al. Associations between genetic variants in mRNA splicing-related genes and risk of lung cancer:a pathway-based analysis from published GWASs[J]. Sci Rep,2017,17(7):44634. DOI:10.1038/srep44634.
[1] 李玉泽, 刘娜, 佟晶, 金蓉, 陈梅, 卑贵光. 动脉自旋标记灌注对足月缺氧缺血性脑病新生儿预后的预测价值[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(9): 812-816.
[2] 段秋艳, 杜秋红, 宋文玲, 苏嘉利, 徐萍. 血清sTWEAK和MMP-9在急性ST段抬高型心肌梗死患者中的表达及其与预后的关系[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(9): 833-836,851.
[3] 孙翠翠, 张斯萌, 温倜, 曲秀娟, 刘云鹏. 晚期非小细胞肺癌肿瘤生长速率与临床病理特征及预后的相关性[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(8): 673-677.
[4] 韩苏, 王传合, 佟菲, 杨丽娜, 崔文佳, 孙志军. 基于倾向性评分匹配法评估钠离子浓度对心力衰竭患者预后的影响[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(8): 714-718.
[5] 韩苏, 王传合, 佟菲, 杨丽娜, 崔文佳, 孙志军. 性别差异对射血分数中间型心力衰竭患者预后的影响[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(7): 624-628.
[6] 高翔, 刘志宇, 王梁, 戴志红, 汪鑫, 蔡凯. 术前中性粒细胞与淋巴细胞比值和血小板与淋巴细胞比值对非肌层浸润性膀胱癌的预后评估价值[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(7): 638-642.
[7] 孙华屹, 张宏, 丛进春. 结肠癌根治术患者临床特征与预后的相关性分析[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(7): 660-662.
[8] 王硕, 郑新宇. 乳腺癌根治术患者化疗相关粒细胞减少与预后的关系[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(6): 542-546.
[9] 董会帅, 范崇渝, 韩云. 肺叶切除与肺段切除治疗肺部磨玻璃结节效果的比较[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(6): 547-550.
[10] 蔡恒, 刘文静, 冯天达, 刘云会. 垂体转移瘤的临床特点及治疗分析:2例病例报道及文献回顾[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(6): 564-567.
[11] 常盼盼, 刘畅, 崇巍. 严重创伤性脑损伤后凝血功能障碍与预后的关系[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(5): 425-429.
[12] 庄莹, 张淑红, 樊伟平, 赵小芳, 孙海燕, 刘爽, 张虎. 乳腺癌中DEAH盒解旋酶16的表达及临床意义[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(4): 305-308.
[13] 郅重阳, 彭良群, 张占东, 李宁, 刘洪兴, 花亚伟. 倾向评分匹配法探讨预后营养指数与胃癌新辅助化疗后病理完全缓解的相关性[J]. 中国医科大学学报, 2019, 48(3): 245-249,254.
[14] 徐国帅, 蔡相军, 陈江波, 吕庆, 刘洪涛. AEG-1和CHD5在胃癌中的表达及其临床意义[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(9): 797-802.
[15] 马艳梅, 常箫匀. 结直肠癌患者围手术期肠内外联合营养支持与预后的关系[J]. 中国医科大学学报, 2018, 47(7): 604-608.
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[1] 富苏, 张孟仁. 中药脑复聪对糖尿病大鼠学习记忆能力及海马CA1区胰岛素样生长因子Ⅰ含量的影响[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(9): 677 .
[2] 张颖, 李岩. 消化系统器质性疾病患者抑郁焦虑现状及其影响因素的调查[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(9): 695 .
[3] 万成福, 陈晓光, 马虹, 王俊科. 舒芬太尼对全麻患者罗库溴铵肌松作用的临床观察[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(9): 698 .
[4] 黄波, 李强, 张景国, 韩晓光, 刘君, 何莲, 刘也夫. 胆囊腺瘤癌变过程及免疫表型P53的诊断价值[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(9): 703 .
[5] 王毅, 董静, 刘万洋, 魏薇, 陈杰. 碘缺乏和甲状腺功能减退对大鼠仔鼠海马钙调磷酸酶表达的影响[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(10): 724 .
[6] 邹国良, 仲维莉, 胡健. 缺血后处理对糖尿病大鼠缺血再灌注心肌细胞凋亡的影响[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(10): 745 .
[7] 庞晓燕, 张颐. 绝经后妇女绒毛膜癌的临床分析[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(10): 773 .
[8] 李凤贺, 辛世杰, 杨栋, 崔泽实, 赵蕾, 杨昱, 张健, 段志泉. sonic hedgehog信号通路在血管平滑肌细胞中的表达及意义[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(11): 814 .
[9] 王寒明, 章新华, 王怀良. 氟西汀抑制大鼠肺动脉高压及对GATA-4蛋白的影响[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(11): 824 .
[10] 初立伟, 杨茂伟, 于江, 王铜浩, 李亚伦. 缺锌对增殖期大鼠生长板软骨细胞凋亡的影响[J]. 中国医科大学学报, 2009, 38(11): 827 .

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